Помимо научных проектов, выполняемых в рамках государственного задания, НИИ кардиологии активно поддерживает научные лаборатории, отделения и отдельных ученых, осуществляющих инициативные экспериментальные и клинические научные исследования, финансируемые государственными и негосударственными научными фондами и коммерческими партнерами в виде договоров на проведение НИР, грантов, целевых программ и многоцентровых клинических исследований.
Сотрудники НИИ кардиологии имеют многолетний успешный опыт сотрудничества с Российским научным фондом, Российским фондом фундаментальных научных исследований и целым рядом других фондов, участия в Федеральных целевых программах и НТИ.
Имея лицензию на осуществление медицинской деятельности, свидетельство об аккредитации на право проведения клинических исследований лекарственных препаратов для медицинского применения и испытание медицинских изделий, Институт активно участвует в выполнении российских и международных клинических исследований по апробации новых лекарственных препаратов и технологий при остром инфаркте миокарда, остром коронарном синдроме, стабильной ИБС, сахарном диабете, ожирении, артериальной гипертензии, сердечной недостаточности и многих других. На базе клинических отделений и лабораторий НИИ кардиологии одновременно реализуется до 20 международных клинических исследований.