I. Дирекция
II. Научные подразделения
1. Отдел клинической кардиологии
− Отделение неотложной кардиологии
− Лаборатория инфаркт-ассоциированного шока
− Отделение атеросклероза и хронической ишемической болезни сердца
− Отделение артериальных гипертоний
− Отделение детской кардиологии
− Отделение патологии миокарда
− Отделение сердечно-сосудистой хирургии
− Лаборатория медицины критических состояний
− Отделение клинической лабораторной диагностики
− Криобанк биологических образцов
2. Отдел интервенционной кардиологии
− Лаборатория высоких технологий диагностики и лечения нарушений ритма сердца
− Лаборатория рентгенэндоваскулярной хирургии
3. Отдел лучевой диагностики
− Отделение рентгеновских и томографических методов диагностики
− Лаборатория радионуклидных методов исследования
− Лаборатория ультразвуковых и функциональных методов исследования
4. Отдел популяционной кардиологии
− Отделение амбулаторной кардиологии
− Лаборатория регистров сердечно-сосудистых заболеваний, высокотехнологичных вмешательств и телемедицины
5. Отдел экспериментальной кардиологии
− Лаборатория экспериментальной кардиологии
− Лаборатория молекулярно-клеточной патологии и генодиагностики
− Виварий
III. Клинические подразделения
− Общеклиническое отделение
− Отделение кардиологическое № 1
− Отделение кардиологическое № 2
− Отделение кардиологическое № 3
− Отделение кардиологическое № 4
− Отделение кардиологическое № 5
− Отделение кардиохирургическое № 1
− Отделение кардиохирургическое № 2
− Отделение анестезиологии-реанимации
− Отделение переливания крови
− Отделение хирургического лечения сложных нарушений ритма сердца и электрокардиостимуляции
− Отделение рентгенохирургических методов диагностики и лечения
− Отделение функциональной и ультразвуковой диагностики
− Клинико-диагностическая лаборатория
− Отделение рентгеновских и томографических методов диагностики
− Лаборатория радионуклидных методов исследования
− Консультативно-диагностическое отделение
− Физиотерапевтическое отделение
− Патологоанатомическое отделение
− Приемное отделение
− Централизованное стерилизационное отделение
− Аптека
− Пищеблок
IV. Отдел координации научной и образовательной деятельности
V. Отдел информационных технологий
VI. Отдел закупок
VII. Отдел коммерциализации научных разработок
VIII. Научная библиотека
IX. Отдел организации и управления внебюджетной деятельностью
X. Учебно-методический отдел
XI. Инженерно-техническая служба
XII. Транспортный цех
XIII. Административно-хозяйственная часть
− Аппарат управления
− Хозяйственный отдел